Para viajar entre las cuatro principales islas pobladas (Santa Cruz, San Cristóbal, Floreana e Isabela) tienes dos opciones:
Lanchas de transporte de pasajeros:
- Lanchas rápidas de hasta 38 pasajeros, zarpan cada día del muelle principal de cada Puerto poblado.
- El viaje tiene una duración aproximada de 2 a 3 horas, según las condiciones de mar.
- En la primera mitad del año, de enero a junio, las condiciones del mar son más estables que en la segunda mitad, de julio a diciembre, cuando es más fuerte el oleaje.
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Los horarios permitidos de navegación entre islas son los siguientes:
| RUTA | Horarios |
| Santa Cruz-San Cristóbal | 07h00 y 15h00 |
| San Cristóbal-Santa Cruz | 07h00 y 15h00 |
| Santa Cruz-Isabela | 07h00 y 15h00 |
| Isabela-Santa Cruz | 06h00-15h00 |
| Santa Cruz – Floreana * | 08h00-15h05 |
| Floreana – Santa Cruz * | 15h00 |
Avioneta
Existen dos aerolíneas de transporte entre islas:
- EMETEBE
